《超时空要塞第三部》A D 2009,在经历了和巨大异星人Zentraedi的那场近乎导致人类灭亡的星间战争之后,幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合,开始了以种族延续为目的的银河播种计划。A D 2059,人类为寻求可居住的行星,不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团MacrossFrontier(第25船团),航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21番移民船团MacrossGalaxy上在住之现役偶像歌手雪露·诺姆为举行演唱会来到Frontier。兰花·李在去Live途中邂逅作为飞行员候补生的早已女有人,三人的不期而遇,彼此的命运从此相互牵系!而此时,Frontier遭遇不明敌人的强力攻击,移民船团上的人们又将何去何从?新的Macross物语即将展开!