《攻壳机动队ARISE1灵魂伤痛》舞台是公安9课还不是最重要的先遣冲锋部队A D 2027。在十分懂得权术、老谋深算的公安捜査的荒卷面前出现是——隶属于陆军501机关的草薙素子三佐。拥有最高度的物理与电脑作战技能的她,和荒卷比起来显得不谙世事。不过这样的她也和荒卷共同行动,解决了很多犯罪事件。但这同样引起了501机关的注意,尤其是作为上司以及保护者的女野心家久留津中佐产生了摩擦。与此同时,谜样的病毒“FireStarter”出现了,在各种疑难事件群起之中,“拥有不眠之眼的前特部队队员”、“已经成家的特捜刑事”等各种个性的人才汇聚到了草薙素子身边。和荒卷有着共同目的的草薙素子投身到了建立“针对犯罪特设的精锐部队”的计划中……《攻壳机动队ARISE》——这是草薙素子被称为“少佐”之前的物语。