《红伤骑士X》故事发生在与现实略有不同的地球。地球正遭受来自“红之世界”的侵略者“Nightfly O Note”的威胁。人类为了与之对抗,而设立了对相位外防卫机关“LAG”,并组成对Nightfly O Note战斗单位“Scared Rider”,即使在过去的五次战斗中重蹈全灭的覆辙,依然继续战斗着。不久之后,一名少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前往LAG赴任,刚一到任,停止的Nightfly O Note侵袭再度开始了。第六战斗单位“Scared Rider Xechs”的成员们,为了与明一同守护世界,而投身于战场。这是她与少年们的爱与友情与战斗的物语。